Era l'anno 1432, verso le cinque di pomeriggio del 26 maggio (oltre cinquecento­novanta­due anni fa); una modesta contadina di trentadue anni di nome Giannetta de' Vacchi stava raccogliendo l'erba per le sue bestie nel prato di Mazzolengo, vicino a Caravaggio; in realtà si era interrotta un momento per pregare e piangere per la sua condizione di moglie maltrattata dal marito Francesco Varoli, scontento della sua vita di modesto contadino; Giannetta manco aveva la gioia di un figlio....

Ad un tratto la donna fu abbagliata da una forte luce che la spaventò inducendola a fuggire; ma in quel momento le apparve la Madonna che la invitò ad inginocchiarsi; subito le disse che il marito avrebbe presto abbandonato il vizio del bere che aveva preso perché scontento.

Le disse anche di avere un messaggio da affidarle: Giannetta avrebbe dovuto convincere la gente, e soprattutto i governanti, che la guerra in corso fra Milano e Venezia doveva cessare, così come dovevano cessare le divisioni nella Chiesa e fra i Cristiani.

A testimonianza della Sua presenza la Vergine toccò il suolo con i piedi, e in quel punto sgorgò una piccola sorgente; ben presto a quella sorgente furono legati dei miracoli, attribuiti alla "Beata Vergine del Fonte".

Naturalmente Giannetta incontrò dapprima solo incredulità, con la gente; si racconta che un tale volle gettare nel fonte un ramo secco e subito questo riprese vita e germogliò.

Ma poi la donna ottenne di essere accompagnata sia al cospetto di Filippo Maria Visconti, Duca di Milano, sia davanti a Francesco Foscari, Doge della Serenissima. E davvero fra i due Stati "scoppiò la pace" già dal 1433.

Un po' più complicata fu la faccenda delle divisioni fra Cristiani, tuttavia la tradizione ci racconta che Giannetta poté convincere Giovanni VIII Paleologo, Imperatore d'Oriente, a comporre il dissidio con la Chiesa di Roma (l'incontro è "raccontato" da un mosaico nel Santuario). L'annuncio fu ufficialmente dato da papa Eugenio IV al Concilio di Firenze nel 1439 (anche se, per la verità, non si andò molto oltre l'annuncio).

La notizia di alcune guarigioni miracolose attribuite alla Fonte si diffuse in fretta e provocò un notevole afflusso di pellegrini, fra i quali non mancarono papi, re, imperatori. Intanto la Vergine era apparsa alcune altre volte ad altre persone (una suora agostiniana, un sordomuto che guarì, una contadina di Codogno), anche se si suole citare solo la prima, a Giannetta.

Il duca Filippo Maria Visconti volle che fosse eretta una chiesa al posto della cappella che era subito sorta per iniziativa della gente; la chiesa fu consacrata nel 1451 e fu sostenuta anche dagli Sforza, succeduti ai Visconti nel Ducato di Milano.

La chiesa voluta dal Visconti non è il Santuario che vediamo noi: questo fu eretto nel 1475 (cinquecento­quaranta­nove anni fa) su progetto di Pellegrino Tibaldi per volontà di San Carlo Borromeo perché la precedente chiesa era ormai pericolante. Il grande altare fu eretto proprio sopra il "sacro speco", cioè il luogo ove sgorga "il Fonte". Ancora oggi un sottopassaggio consente di attingere quell'acqua.